Cette rue, située entre la rue du Renard et la rue Turbigo, porte le nom de l'ancien village du Beau-Bourg. La partie comprise entre la rue Simon-le-Franc et la rue Michel-Comte, ouverte à la fin du XIe siècle, traversait alors l'enceinte de la ville. Réunie à partir de plusieurs anciennes rues, elle sera dénommée, à l'intérieur de l'enceinte de Philippe Auguste, rue de la Poterne puis rue de la Fausse-Poterne. Elle portera le nom de rue Oultre-la-Poterne-Nicolas-Hydron hors les murs. Ces deux tronçons seront ensuite réunis en 1851 sous la dénomination de Rue Beaubourg. La partie comprise entre la rue au Maire et la rue Michel Le Comte, ouverte au commencement du XIIIe siècle, sera successivement appelée rue de Châlons ou de Chalon, rue Trousse-Nonnain, rue Trace-putain, rue Tasse-Nonnain puis Transnonain. L'ancien passage au Maire, entre les rues au Maire et Bailly, sera primitivement dénommé passage Bailly puis, passage de la rue au Maire. L'ancienne rue Saint-Hugues, entre les rues Bailly et Réaumur, sera ouverte vers 1780. L'arrêté du 11 mars 1851 réunira la Rue Beaubourg, la rue Transnonain, le passage au Maire et la rue Saint-Hugues. Elle a perdu presque toutes ses vieilles maisons, côté pair, lors de la rectification de son tracé en 1911.