Long de 3150 mètres et large de 30 mètres environ, le Boulevard Saint-Germain part de la Seine au coin du Quai Saint-Bernard et face à l'île Saint-Louis, dans le 5ème arrondissement, longe le fleuve à quelques centaines de mètres au pied de la montagne Sainte-Geneviève, puis traverse le 6ème arrondissement et rejoint à nouveau la Seine au niveau du quai d'Orsay, dans le 7ème arrondissement.