La station de la ligne 1 est ouverte le 19 juillet 1900. Elle porte le nom de la Gare de Lyon et est située sous le boulevard Diderot à l'est de la rue de Lyon. Elle comportait à l'origine 4 voies encadrant deux quais centraux. Le 28 juillet au 17 décembre 1906, la voie la plus au sud reçoit provoisoirement le terminus de la ligne 5 qui vient rebrousser en impasse depuis la station Quai de la Rapée en attendant son prolongement et la correspondance à la station Bastille.